हिन्दुस्तान में मदरसों को राष्ट्रीय मुख्य धारा से जोड़ने और इसके आधुनिकीकरण की ज़रुरत हैं I हिन्दुस्तानी मुसलमान शिक्षा तक पहुच के मामले में पीछे हैं और इनके शैक्षिक पिछडेपन पर काबू पाने के लिए प्राथमिक शिक्षा को मजबूत करना होगा I अक्सर देखा गया है कि अगर कोई बच्चा मदरसा जा रहा है तो यह समझना चाहिए की उसे स्कूल जाने का मौका नहीं है I अगर एक बच्चा मदरसे में अपना पंजीकरण कराने के कुछ वर्षों बाद सरकारी स्कूल तक पहुँच भी जाता है तो उसकी नीव और समझ इतनी कमज़ोर होती है कि वह दूसरे बच्चों के साथ मुकाबला करने में सक्षम नहीं होता है I प्राथमिक शिक्षा के ठोस आधार के बिना, उच्च शिक्षा और उसके परिणामस्वरूप जॉब मार्किट में प्रतिस्पर्धा की उम्मीद नहीं की जा सकती है I
मदरसों में आज जो पढ़ाते हैं वो पूरी तरह असम्बद्ध और समय के साथ सामंजस्य नहीं रखता है I इसका पाठ्यक्रम प्राचीन है, और समकालीन स्थिति में जिसे शिक्षा कहा जाता है, इसके पाठ में सुमेलित नहीं हैंI वास्तव में पाठ्यक्रम में धर्म की बहुलता है और ऐसा लगता है जैसे एक मुसलमान के लिए अपने धर्म से अलग पढने के लिए कुछ और नहीं है I इस्लामी सिद्धांतों के साथ इस जूनून का मतलब है की मदरसों में शिक्षा प्राप्त करने वाले मुस्लिम बच्चों को अपने देश, समाज और राजनीति और न ही उस तेज़ रफ़्तार से जिससे दुनिया विकास कर रही है के बारे में लगभग कोई जानकारी होती है I कोई भी जोर देकर कह सकता है कि मदरसे इस्लाम की सेवा करने के बजाये आज धर्म को नुक्सान पंहुचा रहे हैं I
जब कभी मदरसों के आधुनिकीकरण की माँग उठती है तो मुस्लिम धार्मिक नेता इसके खिलाफ हाय तौबा मचाना शुरू कर देते हैं Iइस्लाम खतरे में है, का नारा मस्जिदों और बड़े मदरसों से उठाना शुरू हो जाता है और इनके नुमाइंदे कोशिश करने लगते हैं कि सुधार की किसी भी कोशिश को किस तरह रोका जाएI मदरसों को मुस्लिम पहचान बनाना मुस्लिम वर्ग को सिर्फ शैक्षिक नुक्सान पंहुचा सकता हैI इसी भावना के तहत मुसलमानों के एक वर्ग ने खुद ही मदरसों के पाठ्यक्रम में बदलाव की मांग शुरू कर दी है ताकि उसे समकालीन आवशयकताओं के अनुसार बनाया जा सके I अब मुसलमानों के बीच शिक्षा को लेकर प्यास पैदा हुई है और मुसलमान माता पिता भी अपने बच्चों की आधुनिक शिक्षा पर जोर दे रहे हैंI दी नेशनल काउंसिल आफ माइनॉरिटी एजुकेशन इंस्टिट्यूशन (NCMEI) ने भी एक रिपोर्ट में दलील देते हुए कहा है की देश में मदरसा शिक्षा में सुधार की फ़ौरन आव्यश्यकता है I